この手順に従ってやったら問題が解決した。
http://futuremix.org/2005/10/openssh-config-permission
どうも本人以外が~/.ssh/configを編集できるのがまずいということらしい。なので、
chmod 600 ~/.ssh/config
にして、本人以外は書き込み(w)ができない状態にしたら、表題の、
Bad owner or permissions on /home/ユーザー名/.ssh/config
はなくなりうまくいった。
